En Estados Unidos hoy en día, una serie de atentados con bombas realizados por el terrorista conocido como "El Mandarín" ha dejado a las agencias de inteligencia desconcertados por la falta de pruebas forenses. Cuando el jefe de seguridad de Industrias Stark, Happy, queda atrapado en uno de esos ataques, Tony vuelve a la acción y emite una amenaza televisada contra El Mandarín, que responde con la destrucción de su casa con helicópteros armados. Hansen llega a la casa de Tony para advertirle sobre el Mandarín, pero llega demasiado tarde y la mansión de Tony es atacada. Tony envía mentalmente al Mark 42 a Pepper para protegerla. Cuando Pepper y Maya están a salvo, Tony llama la armadura para sí mismo. Aunque el traje no está listo para el combate, Tony consigue acabar con 2 helicópteros y escapar. Tony cae inconsciente en pleno vuelo, pero se despierta después de que J.A.R.V.I.S. le advierta desesperadamente que el traje se está quedando sin energía. Tony se estrella en Tennessee y no tiene ninguna manera de regresar a California.
Tony arrastra el traje alrededor hasta que encuentra e irrumpe en un garaje, en un intento de reparar su traje. Harley Keener va a investigar el ruido y encuentra a Tony, de quien se hace amigo después de ver su armadura. Haciendo equipo con Harley, Tony investiga los restos de una explosión local que tenía las características de un ataque del Mandarín. Tony descubre que las explosiones fueron provocadas por soldados del programa de Extremis, un tratamiento experimental destinado a permitir a sus usuarios a recuperarse de lesiones incapacitantes. Sin embargo, si el cuerpo de un usuario no puede metabolizar correctamente el Extremis, el usuario se calienta y explota. Después de que los veteranos comenzaran a crecer inestables hasta explotar, sus muertes se camuflaron como ataques terroristas para ocultar los fallos del Extremis. Al encontrar testigos y pruebas de primera mano, El Mandarín envía a Ellen Brandt y a Eric Savin para pararlos.
Con la ayuda de Harley, Tony localiza al Mandarín en Miami. Tony se infiltra en la sede de Miami con una gran variedad de armas de fabricación casera, donde descubre que el Mandarín es en realidad un actor británico llamado Trevor Slattery, que es ajeno a los hechos que el Mandarín ha llevado a cabo. El Mandarín es una creación de Killian, quien se apropió de la investigación Extremis de Hansen como una cura para su propia discapacidad y amplió el programa para incluir a los veteranos de guerra heridos. Killian revela que ha secuestrado a Potts y que le ha suministrado Extremis, con la intención de infundirle habilidades sobrehumanas y de utilizarla en contra de Tony como un instrumento para obtener su ayuda en el arreglo de los fallos de Extremis.
Entonces Maya Hansen aparece y le dice a Killian que si no libera a Stark, ella se suicidaría y, entonces, nadie podría controlar el virus Extremis que Killian se había inyectado. Tras escuchar a Maya, Killian toma una pistola y dispara a Maya. Tras el disparo, Tony se queda asombrado por lo que Killian había hecho y Maya muere lentamente.
Killian también había manipulado las agencias de inteligencia estadounidenses sobre la ubicación del Mandarín, para atraer al Coronel James Rhodes (Máquina de Guerra), ahora rebautizado como Iron Patriot a una trampa para robar su armadura. Tony escapa de su cautiverio llamando a su armadura y se reúne con Rhodes, descubriendo que Killian tiene la intención de atacar al presidente Ellis a bordo del avión presidencial. Manejando por control remoto la armadura de Iron Man, Tony salva a los pasajeros y la tripulación de la detonación de una bomba, pero no pudo impedir que Killian secuestrara al presidente Ellis. Tony y James rastrean a Killian hasta una plataforma de extracción de petróleo donde Killian tiene la intención de matar a Ellis (vestido de la armadura de Iron Patriot) en vivo por televisión. Cuando Rhodes le dijo la mala noticia al Vicepresidente, de hecho es un títere político, siguiendo las órdenes de Killian a cambio de que el Extremis cure la discapacidad de su hija.
En la plataforma, Tony va a salvar a Pepper y James al Presidente. Tony convoca a cada uno de sus trajes de Iron Man (con el llamado Protocolo ´´Fiesta en Casa´´), controlados remotamente por J.A.R.V.I.S., para proporcionar apoyo aéreo. James asegura al Presidente y lo lleva a un lugar seguro, mientras que Tony trata de salvar a Pepper. Sin embargo, antes de que pueda salvarla, un equipo se derrumba a su alrededor y ella se cae de 60 metros a su aparente muerte. Killian se burla de Tony. Stark, obligado a enfrentarse a Killian, pelean en una plataforma y Killian destruye una armadura pero Tony usa otra. Killian también la destruye, después lo atrapa en el Mark 42 y le pide a J.A.R.V.I.S. que lo autodestruya. El Norco fue destruido pero Killian sobrevivió y confiesa a Tony algo impactante. "Killian es El Mandarin". Potts lo golpea, cuyas habilidades de Extremis le permitió sobrevivir a la caída, se enfrenta a Killian, usa una parte de la armadura de Tony y lo mata antes de que diera el último golpe.
Después de la batalla, Tony ordena a J.A.R.V.I.S. que destruya todas sus armaduras en forma de fuegos artificiales (con el llamado Protocolo ´´Borrón y Cuenta Nueva´´), como señal de su intención de dedicar más tiempo a Potts. Tanto cuando Tony supo que al conocer a las personas (Maya y Killian), que fueron un gran error de su vida, el vicepresidente como Trevor son arrestados al descubrir y por ser cómplices del Mandarin. Pepper se somete a cirugía para eliminar el Extremis y también a Tony para eliminar la metralla incrustada cerca de su corazón. Al ser curados, Tony le regala un collar especial a Pepper por su relación, Happy estando en el hospital recuperándose poco a poco y Harley regresa de su escuela, observa su cochera que fue renovada por Tony dándole todo lo necesario, incluyendo una súper lanzapapas. Tony regresa a las ruinas de su casa de Malibú y lanza su reactor ARK al mar sabiendo que ya no lo necesitará, meditando sobre que siempre será Iron Man incluso sin su armadura.
En la escena post-créditos, Tony ha contado toda su historia al estar con el Dr. Bruce Banner, y vio que se quedo dormido.
Después de los créditos aparece las letras Tony Stark regresará.
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